В 1930 году Постановлением СНК РСФСР был открыт первый институт в Казахстане. Его ректором был назначен выпускник Ленинградской Военно-Медицинской Академии Санжар Джафарович Асфендияров.
За заслуги в развитии народного здравоохранения медицинский институт в апреле 1981 года был награжден орденом Трудового Красного Знамени.
В 2001 году Казахскому государственному медицинскому университету имени С.Д.Асфендиярова присужден высокий статус Национального университета.